ในรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว โปรดเกล้าฯ ให้มีการปรับปรุงระบบศาลครั้งใหญ่รวบรวมศาลต่าง ๆ ที่มีอยู่กระจัดกระจายถึง 16 ศาลยุบรวมกันเป็นศาลในส่วนของความอาญาได้รวมศาลนครบาลกับศาลอาญานอกเข้าด้วยกันเรียกว่า "ศาลพระราชอาญา" ตั้งอยู่ที่ "หอสัสดี" บริเวณท่าช้างวังหน้า ต่อมา พ.ศ. 2478 ได้มีประกาศใช้พระธรรมนูญศาลยุติธรรม จึงเปลี่ยนชื่อจากเดิมมาเป็น "ศาลอาญา" และต่อมา พ.ศ. 2484 ได้มีการก่อสร้างอาคารหลังใหม่ขึ้นที่บริเวณกองตราลหุโทษเดิมด้านถนนราชินีให้เป็นที่ตั้งของกระทรวงยุติธรรม ศาลอุทธรณ์ และศาลอาญา ส่วนด้านถนนราชดำเนินก่อสร้างเป็นอาคารศาลฎีกาและศาลแพ่ง ต่อมาวันที่ 25 มีนาคม พ.ศ. 2515 ศาลอาญาได้ย้ายทำการเดิมมาตั้งอยู่ที่แห่งใหม่ ณ อาคารศาลอาญา ถนนรัชดาภิเษก กรุงเทพมหานคร เป็นอาคารสูง 13 ชั้น[3]